Tornionjokivarren asukkaat haluavat yhä lisäselvityksiä siitä, millaisia riskejä kaivos aiheuttaisi Tornionjoen vesistölle. Myös viranomaisten huoli kaivoshankkeen ympäristövaikutuksista on kasvanut.
Viranomaiset ovat arvostelleet yhä voimakkaammin hanketta etenkin sekavista ja ristiriitaisista jätevesisuunnitelmista. Erityisenä huolena on, että Muonionjokeen ohjattavat päästöt voivat aiheuttaa äkillisiä kalakuolemia. Tornionjoen vesistössä on maailmanlaajuisestikin arvokas vaelluskalakanta.
Hannukaisen rautakaivoksen jätevesien purkuvesistö Muonionjoki kuuluu Natura-suojeltuun ja valjastamattomaan Tornionjoen vesistöön. Tähän rajajokeen pumpataan jo Ruotsin puolella olevan rautakaivoksen lisäksi myös Ylläksen kasvan matkailun jätevedet.
