Suomen ympäristökeskuksen tekemässä selvityksessä 57 prosenttia luontotyypeistä katsottiin kehitykseltään heikkeneviksi ja vain 5 prosenttia paraneviksi.
Luontotyyppejä uhkaavat muun muassa metsien uudistaminen ja hoito, ojitus, pellonraivaus sekä rakentaminen ja vesien rehevöityminen. Tutkimuksen mukaan ilmastonmuutoksella on vielä varsin vähäinen merkitys luonnon tilan heikkenemisessä.
Suomessa metsiä on möyritty niin kauan, että metsät ovat muuttuneet tavalla tai toisella koko maassa, Ne ovat menettäneet luontaisia ekologisia piirteitään, arviossa todetaan.
Huonoimmin menee perinnebiotoopeilla, eli muun muassa niityillä, kedoilla ja metsälaitumilla. Syinä ovat maataloutta ja tiloja ravistelleet tuotantotapojen muutokset.